Misija je sakupljanje, istraživanje, očuvanje, zaštita, prezentacija i interpretacija lokalnog identiteta, povijesti, kulture, umjetnosti, tradicijske, prirodoslovne i arheološke baštine istočne Hrvatske na dobrobit šire javnosti, obrazovanja svih dobnih skupina društva i održivo korištenje kulturne i prirodne baštine
VIZIJA
biti javna institucija kojoj je prikupljanje, zaštita, očuvanje i prezentacija arheološke baštine jedan od temelja očuvanja i razvitka kulturnog i nacionalnog identiteta Republike Hrvatske;
kao moderna, javna ustanova na najvišoj europskoj razini, poštujući najviše standarde kvalitete i ažurnosti te koristeći suvremenu tehnologiju i informatizaciju, unaprjeđivati muzejsku struku i znanstveni rad na području svoje djelatnosti;
povećanje prepoznatljivosti u javnosti, povećanje interesa publike iz grada Vukovara, Hrvatske i inozemstva kao i što bolje pozicioniranje Muzeja na lokalnoj, nacionalnoj i međunarodnoj razini;
biti značajna kulturna institucija na području arheologije na državnoj razini i najznačajniji znanstveno-istraživački centar vučedolske kulture;
podizanje svijesti lokalne zajednice i djelatnika Muzeja o značaju i vrijednosti kulturne baštine Vučedola kako bi rasla motivacija ostvarenja vizije;
postati ishodište i središte indoeuropskih studija.
